境内野生动植物资源非常丰富,是“珍稀植物王国,奇禽异兽乐园”。全市共有植物种类共计293科1127属2830种。其中,蕨类植物41科93属248种;苔藓植物68种157属276种;裸子植物7种20属28种;被子植物177种857属2278种(其中有列为国家一类保护的银杏、南方红豆杉、水松等树种和列为国家二类保护的华东黄杉、南方铁杉、白豆杉、连香树、花榈木、鹅掌楸、香果树等树种)。以怀玉山、武夷山为代表的林区所发现的木本植物有120科、272属、629种、33个变种。野生动物种类繁多,有云豹、野猪、鬣羚、刺猬、穿山甲、猕猴、尖吻蝮、眼镜蛇、熊、棘胸蛙等等。境内有鸟类260多种,两栖爬行类近30种,哺乳类近80种,属国家重点保护的60余种,其中不乏诸如蓝冠噪鹛、中华秋沙鸭、黄腹角雉等世界和中国特有物种。